Acto I
Una gélida tempestad arrastra el barco del capitán Daland a millas de distancia de su hogar en la costa noruega. Mientras el cielo se oscurece repentinamente y las aguas vuelven a agitarse, aparece otro barco, una goleta fantasmal, que echa el ancla junto al barco de Daland. Su capitán, el holandés errante, desembarca desesperado por su destino. Una vez juró que doblaría el cabo de Buena Esperanza con su barco aunque hacerlo le llevara toda la eternidad, y el diablo le tomó la palabra. Una vez cada siete años se le permite volver a tierra y descender del barco en busca de una mujer que con su amor fiel y absoluto lo redima de su eterno vagar; mientras ello no suceda, está condenado a recorrer los mares hasta el Día del Juicio Final. El holandés le cuenta a Daland su situación y le ofrece oro y joyas a cambio de hospitalidad por una noche. Después, al enterarse de que Daland tiene una hija joven, le pide su mano. Al ver que el extranjero está cargado de riquezas, Daland acepta inmediatamente. Dando instrucciones al holandés para que le siga, Daland zarpa hacia su puerto de origen.
Acto II
En la casa de Daland, su hija Senta observa ensimismada a las mujeres del pueblo mientras hilan y cosen las velas. Aunque bromean sobre la joven y su pretendiente, el cazador Erik, ella permanece en trance. Con la vista fija en un retrato del holandés errante, canta una balada sobre el capitán fantasma y reza con intensidad por ser ella quien le salve. Entra Erik y, cuando se quedan solos, le pide a Senta que defienda su causa ante Daland. Al darse cuenta de su obsesión con el retrato del holandés, Erik le cuenta un sueño aterrador, en el cual la ve abrazar al holandés y alejarse en su barco. Senta exclama que ese es su mismo sueño y Erik se marcha desesperado. Un momento después, el holandés en persona aparece ante la joven, le hace partícipe de su triste suerte, y ella promete serle fiel hasta la muerte. Daland bendice la unión.
Acto III
En el puerto, los habitantes del pueblo celebran la vuelta de los navegantes. Invitan a la tripulación del holandés a unirse a ellos, pero los ahuyentan los extraños cánticos de los fantasmales marineros. Senta entra perseguida por Erik, que insiste en que ella le ha prometido su amor. Al escucharlo, el holandés piensa que ha sido traicionado y sube apresuradamente a su barco. Ante los ojos horrorizados de la gente del pueblo que se agolpa en la costa, el holandés desvela su nombre y su condición, y despliega las velas para partir. Senta corre hasta el borde del acantilado y, proclamando triunfante su fidelidad hasta la muerte, se arroja al mar.